通风柜是可以长时间甚至不间断运行的，但需要注意以下几个方面以确保其稳定性和安全性：

首先，要考虑风机功率与噪声。通风柜的风机功率如果较大，长时间运行可能会产生较大的噪声，对实验环境和人员造成干扰。因此，在选择通风柜时，应考虑风机的功率和噪声水平，确保在长时间运行时不会对环境和人员造成不良影响。可以通过在通风柜周围加装隔音材料等方式来降低噪声污染。

其次，长时间开启通风柜会增加能耗，因此应尽量减少不必要的运行时间。可以通过设置自动开启和关闭功能，或者加装智能节能装置来控制风机的使用，降低电能的消耗。

此外，定期对通风柜进行清洗和维护也是至关重要的。应确保风机的正常运转和排风效果，特别是风机的运转状态要及时检查和维护，如果出现异常要及时处理。通风柜内部应长期保持干净，并定期检查、打扫、清理。通风机、风管及有关附件都应定期检修，确保其正常运转。

最后，在使用通风柜时，还需要注意一些安全事项。例如，避免将通风橱当作储藏柜使用，不要将药品或实验仪器设备长期放置在通风橱中。实验前应先开启通风柜，等待几分钟让污染空气排出后再进行实验。实验结束后，也不要立即关闭通风柜，应等待一段时间让残留的有害气体排出后再关闭。

综上所述，通风柜可以长时间甚至不间断运行，但需要注意风机功率与噪声、节能与维护、实验室安全与通风以及使用注意事项等方面的问题。通过合理的管理和维护，可以确保通风柜在长时间运行时的稳定性和安全性。